연도 중 중도퇴사자가 다른 근무지에 재취직한 때에는 전근무지에서 전근무지 "근로소득원천징수영수증 사본" 및 "근로소득원천징수부"를 교부받아 이를 재취직한 현근무지에 제출하여 전근무지 근로소득과 재취직한 근로소득을 합산하여 연말정산하도록 하여야 합니다.

만약, 재취직한 근로자가 전근무지 근로소득원천징수영수증 및 근로소득원천징수부를 제출하지 못하여 현근무지에서 전근무지 근로소득을 합산하지 않고 근로소득 연말정산한 경우에는 근로자 본인이 다음해 5월에 전,현근무지 근로소득을 합산하여 종합소득확정신고하여야 하는 것이며, 신고를 못한 경우에는 세무서에서 고지하여 징수하는 것입니다.

즉, 당해연도 중도퇴사자가 종전근무지에서 중도퇴사자 연말정산을 하고 현 근무지에 전근무지의 원천징수영수증을 제출하지않아 합산이 안된 경우 근로자가 직접 다음연도 5월에 관할세무서에 종합소득세확정신고를 하여야하며, 종합소득세신고 또한 확정신고를 아니하고 추가납부세액이 있는 경우 관할세무서에서 고지하여 징수합니다.(가산세포함)

연말정산 관련하여 실무를 보다보면 다른회사의 소득이 있는 중도입사자의 경우 "종전근무지의 원천징수영수증"(중도퇴사자 연말정산)을 종정근무지에서 발급받아야 하는데 종전근무지가 "페업"이나 "부도등"의 이유로 "종전근무지원천징수영수증"을 발급받지 못하는 경우가 종종 발생할수 있습니다.

이 경우 근로소득이 있는 거주자로서 전근무지가 폐업등으로 인하여 근로소득원천징수 영수증 및 근로소득원천징수부 사본을 제출받지 못하는 경우에는 현근무지의 원천징수의무자가 전근무지의 근로소득을 합산하여 연말정산할 수 없으므로 당해 근로소득이 있는 거주자는 당해 소득을 합산하여 다음연도 5월중에 종합소득세 과세표준 확정신고를 하여야 하는 것입니다.

원칙적으로는 근로자가 중도에 퇴사한 경우에는 당해 퇴직자가 퇴직하는 달의 급여를 지급하는 때에 원천징수의무자(회사)가 퇴직하는 달까지의 당해연도의 근로소득금액에 대하여 연말정산을 하고 원천징수영수증을 근로자에게 지급하는 것입니다.

또한 종전근무지에서 급여를 받지못한 미지급급여에 대해서도 지급시기의제규정에 의하여 연말에 지급된 것으로 보아 연말정산대상 근로소득에 포함되어 갑근세가 계산되는 것이며,현근무지 원천징수의무자가 근로소득세 연말정산시 전근무지의 근로소득금액을 현근무지 근로소득금액과 합산하여 연말정산을 하여야만 근로소득자가 다음해 5월에 종합소득세 신고를 하지 아니하여도 되는 것이지 이조차도 종전 근무지에서 연말정산을 하지 않았다면 근로자 본인이 종합소득세를 신고.납부해야 하는 것입니다.

이 경우 전근무지 기납부세액은 전근무지의 연말정산에서 결정세액을 공제하는 것입니다.전근무지 원천징수의무자는 전근무지의 근로소득에 대하여 연말정산을 하고 환급세액이 발생하면 근로자에게 환급하여야 하는 것입니다.

그러므로 문의하신 년도중 중도입사자가 종(전)근무지 근로소득이 있는 경우는 반드시 "종전근무지원천징수영수증"을 제출받아 현 근무지와 합산하여 연말정산을 하여야 하며 미제출시는 중도입사자 본인이 종합소득세를 신고.납부하거나 세무서에서 고지한 세금을 납부하면 되는 것으로 만약 종전근무지 근로소득이 있는 직원이 "종전근무지원천징수영수증"을 제출하지 않는다면 회사에서는 현근무지 기준으로 연말정산을 하시면 되며,차후 종전근무지원천징수영수증" 미제출과 관련한 종합소득세신고 및 가산세등은 해당직원에게 불이익이 있다는 것으로 보시면 되는 것입니다.

출처 : http://blog.naver.com/dong5744?Redirect=Log&logNo=140025617730